上海社会科学院应用经济研究所是以决策咨询研究为主导，以应用经济学学科建设为支撑的智库型研究机构。原名“部门经济研究所”，其前身是成立于1956年的中国科学院上海经济研究所，1978年上海社科院复院后，在原经济研究所的基础上分设经济研究所、部门经济研究所和世界经济研究所，其中部门经济所主要从事工业经济、农业经济和贸易经济等研究。

“部门经济研究所”成立以来，紧紧围绕上海改革开放进程，在重大经济发展战略和政策研究中发挥了重要作用，从改革开放初期牵头组织编制上海第一个经济发展战略（1986年的国家六五重点项目）、经国务院批准的上海经济发展战略研讨会纪要（1987），到20世纪90年代上海产业结构调整升级、上海浦东开发开放、面向21世纪的上海开放战略、上海四个中心建设战略研究，以及近年来的上海建设具有国际影响力的科技创新中心、上海自贸区建设等战略研究中，“部门经济研究所”完成了一系列具有开创意义和重要价值的研究成果。

2016年，在上海社会科学院入选首批国家高端智库试点单位的背景下，经上海市委批准，“部门经济研究所”正式更名为上海社会科学院应用经济研究所，根据上海社会科学院端智库建设目标，应用经济研究所立足决策咨询研究特色优势，强化产业经济学等为重点的应用经济学学科支撑，进一步确立了学科支撑型智库的目标导向，聚焦中国和上海发展转型中的重大问题，充分发挥高端智库的研究支撑作用，不断提升在决策咨询研究中的影响力。

应用经济研究所现有应用经济学一级博士学位授权点，下设国民经济学、产业经济学、区域经济学、金融学、数量经济学五个二级学科博士点；应用经济学一级学科硕士点，下设应用经济学二级学科硕士点9个（包括国民经济学、产业经济学、区域经济学、数量经济学、金融学、国际贸易、财政学、劳动经济学、城市与房地产经济学）；管理学二级学科硕士点3个（包括企业管理、旅游经济管理、农业经济管理）。

应用经济研究所现设产业经济研究室、区域经济与城乡发展研究室、服务经济及旅游经济研究室、创新经济研究室、财政金融研究室、城市与房地产经济研究室、文化创意产业研究室以及《上海经济》编辑部。现有在职人员53人，其中研究员12人、副研究员24人。

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